در طراحی نظام جامع عموماً چهار منبع به عنوان مبنای تدوین و طراحی این نظام مطرح شده است: ; 1-قانون اساسی ; 2- قانون برنامه سوم توسعه ; 3- مبانی نظری و تجارب جهانی ; 4- نقاط قوت و ضعف وضع موجود ; آنچه مسلم است در مورد جایگاه، ارزش و اعتبار هریک از مبانی فوق در طراحی نظام جامع و همچنین نوع برداشت و مستندات ارجاعی در هریک از آنها اختلافات نستباً زیادی وجود دارد که عملاً علیرغم توافق کارشناسی نسبی در مبنابودن چهار مرجع مذکور امکان حصول توافق درباره نتایج مستخرجه را ناممکن یا دشوار میسازد. اما همانند هر موضوع دیگری در زمینه برنامهریزی در مباحث مربوط به نظام جامع نیز گاه شاهد کسب توافق در نتیجه مباحث علیرغم اختلافات در مبانی مسائل هستیم، اگرچه موارد نقیض این فرضیه نیز مکرراً وجود دارد.